近几年，农户对商品有机肥的关注度越来越高，这是因为一方面商品有机肥的制作工艺越来越先进，肥料的功效大大提高；另一方面使用有机肥以后改善了土壤的理化状况，提高了各类养分的吸收利用率。
商品有机肥和粪肥同样能够补充有机质，促进团粒结构的形成。但从生产无公害蔬菜和蔬菜的可持续发展方面来讲，商品有机肥更有优势。这是因为商品有机肥与粪肥有很多不同之处。
两种肥料的区别重点在于“腐熟”和“无害”。与商品有机肥相比，粪肥存在许多缺陷：二是粪肥带有大量的病菌、虫卵，引发棚室内的病虫草害；四是粪肥内若含有害物质、重金属物质时，仅凭借高温发酵不能去除。 若是土壤出现了不良状况，使用商品有机肥改良比粪肥更加快速。这是因为商品有机肥具有洁净性和完熟性两大特点。
商品有机肥在制作过程中不仅进行高温杀菌杀虫，通过微生物完全发酵，并且很好地控制氧气和发酵温度，使有机物质充分分解成为直接形成团粒结构的腐殖质等，同时产生的氨基酸和有益代谢产物得以保留。使用后不会产生对蔬菜有影响的物质。
商品有机肥中的各类养分是可调整的，可以针对不同的土壤状况使用不同养分含量的产品。
商品有机肥的品种很多，而用于制作商品有机肥的原料更多，因此在改良土壤的时候也应选择合适的商品有机肥。那么哪些原料可用于制造商品有机肥呢？ 一是自然界有机物，如森林枯枝落叶。 二是农业作物或废弃物，如绿肥、作物秸秆、豆粕、棉粕、食用菌菌渣。 四是工业废弃物，如酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣、味精发酵氨基酸尾液。经过无害化处理以后，这些原料生产的商品有机肥都可以用于农业生产。
而商品有机肥根据功能不同又分为很多种类，在补充有机质的基础上添加大中微量元素、甲壳素、生物菌等等不同的功能物质，使得商品有机肥的效果又大大提升。在这里分析含有生物菌的有机肥。生物菌与有机肥配合使用，能更快更好地改良土壤，主要有两大特点：一是富含有益微生物菌群，环境适应性强，易发挥出种群优势。二是富含生理活性物质，如吲哚乙酸、赤霉素、多种维生素以及氨基酸、核酸、生长素等。
虽然说商品有机肥与粪肥同样能够改良土壤，但使用方法是不一样的。记者在采访时了解到，有些菜农使用商品有机肥后感觉不如粪肥有效果，这是因为使用的方法没有改变造成的。在这里记者提醒菜农，使用商品有机肥时要做好以下三点： 有些菜农感觉商品有机肥价格较贵，不如粪肥用量大。但在改良土壤时需要补充足够的有机质才能起到一定的效果。因商品有机肥已经过无害化处理，不会像粪肥那样产生烧根熏苗的情况。因此，使用商品有机肥时要使用足够的数量。很多菜农的有机肥使用方式是穴施或沟施，需要注意的是要与植株根系保持一定的距离。比如在两行蔬菜的中间沟施，也可在两棵植株间穴施。
商品有机肥的主要作用是改良土壤，维护土壤生态。里面含有的大中微量元素毕竟有限。在高收入经济作物使用时一定要与其他类型的肥料配合使用。如与生物菌肥、大量元素水溶肥等等。
