现代农业主要依靠化肥、农药的大量投入，这就使得生态系统原有的平衡被打破，农药在杀死害虫的同时，也使有益生物特别是鸟类、鱼类等遭受灭顶之灾。近几十年来出现的全球范围的生物多样性退化也与农药的使用有很大关系。土壤被誉为万物之母，它是多种生物栖息的场所。研究表明，现代农业土壤中的生物活性只及传统农业土壤的1/10。土壤有机物的耗竭，使其保水、保肥能力大大下降，这就加剧了水土流失和旱涝灾害。我国"九五"期间重点治理的滇池、巢湖、太湖都是以水体富营养化为主要特征，而从农田流入水体的化学氮磷肥是造成湖泊营养化的重要原因。据种种分析看来，我国农业环境发展需要来完成。
近年来，越来越多的科学研究表明，食物中的农药残留对人体的影响不仅表现为直接的毒害，间接危害也很严重。有报道说，农药在降解过程中将形成各种各样的中间体，其中某些中间体的分子结构与动物体内的雌性激素十分相似，这可能是导致整个生物界(包括人类)雄性退化的重要原因。在日本，儿童皮肤过敏症非常普遍，这与食物中的农药残留有关。将有机肥设备农业生产从常规方式转向绿色、有机方式，则可以从根本上解决这些问题。